Comme de nombreux musées en Afrique et dans le monde, le MEASA gère un espace conçu initialement pour d'autres fonctions. En effet, le bâtiment qui abrite les collections a été construit vers 1922 pour servir de logement au directeur de l'École Urbaine Centre de Porto-Novo, et ensuite d'orphelinat. On y a ensuite logé des hauts fonctionnaires coloniaux; il a aussi servi de bureau au Ministère de l'Education Populaire. D'architecture coloniale, dans un style afro-brésilien, il se trouvait sur pilotis faits des piliers en béton. Les espaces entre les pilotis périphériques ont ensuite été comblés et l'édifice est devenu des plus classiques, disposant d'un rez-de-chaussée et d'un étage. Le rez-de-chaussée, aujourd'hui, à demi enterré, sert de salle d'exposition temporaire et de réserve.

Le MEASA ayant un statut national, il dispose des collections d'artefacts de nombreux groupes socio-culturels de la République du Bénin. Ses collections prennent en compte plusieurs catégories d'objets : armes, outils de métiers traditionnels, instruments de musique, objets cultuels, attributs de pouvoir, éléments métallurgiques, mobiliers domestiques, ornementaux, religieux et documents graphiques.

Au plan administratif et technique, le MEASA comporte plusieurs services : un service accueil, exposition et animation, conservation et restauration, recherche et documentation, sécurité et entretien et un secrétariat. Ils sont sous la responsabilité d'un conservateur, Madame Colette GOUNOU, muséographe et technicienne en conservation préventive, assistée d'un conservateur-adjoint, muséographe, en la personne de Monsieur Albert HOUNKPEVI. Sept autres personnes s'ajoutent aux premières pour animer la vie dans le musée.